有害生物的影响，畜禽粪便、作物秸秆等有机废弃物由于可能含有较多的病菌、虫卵、草籽等，未经严格处理则会引起农作物病、虫、草害；也可能通过农作物传播一些对人类健康有损害的病原微生物。

重金属和盐分的积累，以城市污泥、生活垃圾等为主体的有机肥，可能含有较高的重金属和盐分；而以规模养殖场的畜禽粪便为来源制成的厩肥等，因为在养殖过程中饲喂的饲料中添加了含有重金属和盐分等的成分，这些重金属和成分也会存留在粪便中，最终导致以此为基础的有机肥重金属和盐分过多，如果不加以适当处理或控制用量，长期大量施用则会造成土壤重金属污染、盐分累积和作物重金属含量超标。

动物排泄物中药物残留的影响，由于药物具有生物效应，动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪尿等排出，以此为基础生产的有机肥便会存在药物的毒副作用.

产生土壤养分障碍，有些有机肥，如禽粪、厩肥等营养成分含量较高，一次性使用量过大时，一方面会直接造成肥害，影响植株生长，甚至毁苗；另一方面使得土壤氮素硝化作用增强，造成土壤硝态氮的积累，进而可能使植株硝酸盐含量增加。而有些有机肥碳氮比很高，如秸秆堆肥等，施入土壤后由于微生物活动的需要而与作物争氮，又会引起氮素不足。

植物生长抑制作用，未经处理的有机废弃物、未充分腐熟的堆肥产品都可能对种子发芽和苗期生长产生毒害作用。参照国内外对堆肥使用的标准，有机肥必须经3d以上且高于55℃的温度腐熟才能安全使用。